Nadat zijn geheugen is gewist, wordt Thomas wakker in een grote open ruimte met gigantische muren eromheen. De jongens die er al wonen hebben geen idee wat ze er doen of waar ze vandaan komen. Als Thomas beseft dat ze gevangen zitten in een labyrint, sluit hij zich aan bij de Renners. Overdag proberen de Renners een uitgang te vinden, maar ’s nachts is het levensgevaarlijk buiten de muren en wacht onherroepelijk de dood. Thomas zet alles op het spel om uit het labyrint te ontsnappen, en om het ijzingwekkende geheim dat schuil gaat achter hun lot te ontrafelen.
